Makoto Kobayashi (小林 誠, KOBAYASHI Makoto, dilahirkan pada April 7, 1944, di Nagoya, Jepun) ialah seorang ahli fizik berbangsa Jepun yang dikenali dengan kerjanya berkaitan pelanggaran CP dan dianugerahkan seperempat Hadiah Nobel Fizik pada tahun 2018 "di atas penemuan asal usul simetri pecah yang meramalkan kewujudan sekurang-kurangnya tiga generasi kuark dalam alam semulajadi."[1]